Title Diagnostic and prognostic DNA methylation biomarkers of prostate cancer
Prostatos vėžio diagnostiniai ir prognostiniai DNR metilinimo žymenys
Authors Kristina Daniūnaitė
Publication date 2017
Abstract [eng] Early diagnosis of prostate cancer (PCa) and patients’ stratification into different risk groups are critical for successful management of the disease. DNA methylation of tumor suppressor genes (TSGs) is a potential source of diagnostic and prognostic biomarkers. The present study focused on identification and validation of novel DNA methylation biomarkers of PCa. During the first stage of experimental work, several TSGs were selected for methylation analysis in prostate tumors followed by evaluation of the most potential biomarkers for noninvasive screening in urine. Although the obtained results were promising, the relatively low specificity for PCa encouraged to search for biomarkers with excelling performance. The second stage of the study began with genome-wide DNA methylation profiling, which led to identification of a set of novel putative biomarkers with diagnostic and/ or prognostic value that might even surpass currently available tools. The prostate cancer dataset of The Cancer Genome Atlas project was utilized as an independent validation cohort. Promoter methylation of the newly identified genes was also demonstrated to be detectable in urine of PCa patients, which shows its potential application for noninvasive testing. Although additional validation is required, the obtained results seem to be rather promising. Protein-coding and miRNA host genes with newly identified methylation differences in PCa might be attractive targets for epigenetic therapeutics.
Abstract [lit] Ankstyva prostatos vėžio (PV) diagnostika ir ligonių stratifikacija į skirtingas rizikos grupes yra kritiškai svarbi sėkmingam ligos eigos kontroliavimui. Naviką slopinančių genų (NSG) DNR metilinimas yra potencialus diagnostinių ir prognostinių žymenų šaltinis. Šio tyrimo tikslas buvo identifikuoti ir validuoti naujus prostatos vėžio DNR metilinimo žymenis. Pirmojo tyrimų etapo metu pasirinkti keli NSG metilinimo analizei PV, iš kurių perspektyviausi toliau buvo analizuojami kaip neinvaziniai žymenys PV ligonių šlapime. Nors gauti rezultatai buvo daug žadantys, tačiau palyginti žemas šių žymenų specifiškumas paskatino ieškoti naujų žymenų, savo charakteristikomis pranokstančių esamus. Antrojo tyrimų etapo metu buvo atliktas DNR metilinimo profiliavimas genomo mastu ir identifikuoti nauji potencialūs žymenys, kurių diagnostinė ir/ ar prognostinė vertė pranoko net ir kai kuriuos šiuo metu praktikoje taikomus rodiklius. Vėžio genomo atlaso projekto prostatos vėžio kohorta buvo analizuojama kaip nepriklausoma klinikinių mėginių imtis validacijai. Naujai nustatyti žymenys taip pat buvo sėkmingai aptinkami PV ligonių šlapime, kas rodo jų pritaikymo potencialą neinvazinėje diagnostikoje. Nors yra reikalinga papildoma validacija, tyrimo metu gauti rezultatati yra perspektyvūs. Baltymus koduojantys ir miRNR motininiai genai, kuriuose nustatyti metilinimo skirtumai PV atveju, galėtų būti patrauklūs taikiniai epigenetinei terapijai.
E. documents Download